98直播 虽然哈登是以探花秀的身份加盟的雷霆，但是职业生涯前三年他一直是球队的第六人，新秀赛季出战76场全部是替补上场，之后两个赛季也只有7场首发。2011-12赛季，哈登当选NBA年度最佳第六人。
2009年6月26日，雷霆用3号签选中詹姆斯-哈登，当时NBA给詹姆斯哈登定义的最佳模板是马努-吉诺比利，最差模版是杰森-特里，哈登自己则认为是吉诺比利和皮尔斯的结合体。
2009-10赛季，哈登成为雷霆队板凳席上的重要火力点，新秀赛季场均出战22.9分钟，贡献9.9分3.2篮板1.8助攻，三分球命中率达到了37.5%。2010年5月1日，NBA官方公布了2009-10赛季新秀最佳阵容名单，雷霆新秀詹姆斯·哈登入选最佳新秀第二阵容。
2011-12赛季，哈登常规赛场均贡献16.8分3.7次助攻，命中率则提升到了49.1%，三分球命中率达到39%。在与太阳的比赛中，哈登得到40分，这也成为他雷霆生涯里得分最高的一场比赛。季后赛，哈登帮助球队首轮4-0横扫卫冕冠军小牛，第二轮4-1战胜湖人晋级西部决赛。哈登在西部决赛和马刺的系列赛中三分球出手数和命中数皆为全队第一，命中率高达60.9%，雷霆三少用史诗级的天赋突破重围杀入了总决赛。在总决赛中以1-4不敌迈阿密热火队，无缘总冠军。
2012年5月11日，詹姆斯·哈登当选2011-12赛季NBA最佳第六人。哈登赛季60场比赛以替补身份出战，场均得分领先联盟所有替补球员，帮助雷霆取得了常规赛联盟第三的战绩。
雷霆管理层为了避免奢侈税，为哈登开出了四年5600万美元的合同，相对于哈登四年6000万的预期少了400万美金，且仅给了哈登一个小时来考虑是否接受，2012年10月28日，休斯敦火箭队送出凯文·马丁、杰里米·兰姆以及未来的选秀权，从雷霆队交易得到詹姆斯·哈登、科尔·阿尔德里奇、德奎恩·库克和拉扎·海沃德。